食品污水处理设备系统不同于一般设备的操作。当系统刚建立或长时间停用后需要重新投入运行时，只有在系统启动后才能投入正常运行。以下是系统启动等注意事项的描述，以指导操作人员正确使用系统设备。
1.系统启动前检查操作人员在系统启动前检查以下项目:
(1)所有设备是否润滑完毕。
(2)检查各管道和阀门是否连接良好。
(3)确认电力和自来水系统，并将MCC盘上的所有开关放在接通位置。
(4)检查药槽中的化学物质。
(5)检查可编程控制器的程序时间设置。
(6)再次参考单机试车报告。
2.污泥培养启动生物处理系统的第一步是培养足够数量的细菌群体(污泥)并驯化，以有效处理废水。当污泥不适应废水的性质，数量不足以分解废水中的有机污染物时，处理出水往往达不到设计排放标准。因此，如果污泥数量尽可能在短时间内满足设计要求，就成为启动生物处理系统的第一步。
虽然污水中适当的细菌群体可以自然生长和增加数量，但通常需要相当长的时间，所以根据实际情况，或者直接进入污水进行培养，或者直接从其他污水处理厂接种污泥到新建系统，是有效缩短污泥培养时间的好方法。在试运行阶段，进入处理装置的污水的数量和质量不能满足设计要求。因此，在此期间，应足以培养系统中的生物膜数量。
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